生物の系統関係を推定する分子系統学は、形態や性質の特徴の観測や測定の難しい生物の系統関係分類体系を知る上で有効な手段で、細菌や古細菌の研究手法に変革をもたらした
微生物では、培養は研究を進める上で必須の手段であり、培養方法が確定していない分類群の研究は遅れるのが常である。
・・古細菌（こさいきん、アーキア、ラテン語:archaea/アルカエア）
カール・リチャード・ウーズ（Carl Richard Woese, 1928 - 2012）は微生物学者。 1990年三ドメイン説 生物の分類体系を提唱 リボソームRNA（rRNA）による生物分類学の先駆者
細菌の細胞壁はペプチドグリガンという糖とアミノ酸の複合体でできているもう一つの違いは細胞膜を構成するリン脂質の構造で、
■古細菌（アーキア）ドメイン、
↑エーテル結合(R−O−R')
↓エステル結合 (R−COO−R')
■真正細菌（バクテリア）ドメイン
■真核生物ドメイン（学名: Eukaryota）：
（身体を構成する細胞の中に細胞核と呼ばれる細胞小器官を有する生物)
http://www.keirinkan.com/kori/kori_chemistry/kori_chemistry_2/contents/ch-2/4-bu/4-1-4.htm：4-1-4 核酸
SSU rDNAクローン解析
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"Phylogenetic Tree of Life-ja" by 投稿者作成 - Cavalier-Smith, T (2004). "Only six kingdoms of life". Proc. R. Soc. 271 (1545): 1251–1262. doi:doi:10.1098/rspb.2004.2705 Check |doi= value (help). PMID 15306349. Gribaldo S, Brochier-Armanet C (2006). "The origin and evolution of Archaea: a state of the art". Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361 (1470): 1007–22. doi:doi:10.1098/rstb.2006.1841 Check |doi= value (help). PMID 16754611. Bacterial/Prokaryotic Phylogeny Webpage. Licensed under CC 表示 3.0 via Wikipedia.
１）化学的な多様性 独立栄養
細菌と古細菌は、様々な環境や物質をエネルギーとして利用できるだけでなく、様々な化学的状態の炭素や窒素を自身で利用する分子の合成にも活用できる
植物や藻類で光合成を行っているのはシアノバクテリア(細菌)の共生に由来する葉緑体。光エネルギーを取り込み、水と二酸化炭素を利用して、炭素同化により糖を合成している。(光合成独立栄養生物)
もう一方の化学合成独立栄養生物は海底などの食物連鎖を支える。(メタンや硫化水素、アンモニアをエネルギーとする)
２) 物理的環境への適応
好熱菌 好冷菌 高度好塩菌 好酸菌 好アルカリ菌
３) 生物的環境への適応
動物や植物の体内
